Durante mucho tiempo se ha pensado que las marismas eran zonas de escaso valor, pero la ciencia ha demostrado que son uno de los ecosistemas más ricos del planeta. Las marismas de Santoña, Victoria y Joyel, localizadas en el sector oriental de la franja costera, constituyen la principal zona húmeda de la cornisa cantábrica. Ocupa 3.866 hectáreas repartidas entre los términos municipales de Argoños, Bárcena de Cicero, Colindres, Escalante, Laredo, Limpias, Noja, Santoña y Voto. Este enclave singular, además de pródigo en fauna marina, es utilizado por las aves migratorias, procedentes del norte y el centro del continente, en su desplazamiento hacia tierras más cálidas.

De forma global, en este espacio natural se han observado, hasta la fecha, 121 especies de aves ligadas al medio acuático.

Estas marismas constituyen el conjunto de zonas húmedas más importantes para las aves acuáticas del norte de la península Ibérica, siendo fundamentales para la invernada y la migración de numerosas especies.

La Reserva Natural incluye también encinares, matorrales, praderías, pastizales, playas y dunas. En estas zonas se han detectado 33 especies de mamíferos. Lo que más llama la atención es el impresionante espectáculo de miles de aves, que a lo largo y ancho de la misma se mueven sin cesar. Podemos observar aves en todas las estaciones del año, aunque los mejores meses comienzan en agosto y septiembre, con la llegada de las garzas y limícolas. Después comienzan a llegar en octubre y noviembre los primeros gansos y patos, hasta que a finales de diciembre y comienzos de enero, se produce la mayor concentración de aves en la Marisma.

Es entonces cuando la marisma alberga una población de 10.000 a 20.000 aves, de 50 especies diferentes. Una de las aves que destaca por su singularidad y rareza es la espátula (Platalea leucorodia), ave de blanco plumaje, que migra desde sus colonias de reproducción en Holanda, hacia el sur sobrevolando las costas de Francia, para llegar a las Marismas de Santoña, donde descansarán durante unos días, antes de proseguir su viaje hacia Africa. Entre las numerosísimas especies que podemos observar, están las garzas reales y garzetas que recorren las marismas en busca de peces.

Los ánades reales, ánade silbón, tarro blanco, pato cuchara, buscan entre las plantas acuáticas que se extienden sobre la Marisma. Los patos buceadores se sumergen bajo las aguas más profundas de la marisma, en busca de pequeños invertebrados y algas. Los cormoranes grandes secan sus alas al sol, después de haber estado pescando con la pleamar en la ría. La gran familia de los limícolas, formado por más de 30 especies diferentes de aves, todas ellas especializadas en este ecosistema, exploran cama palmo de fango, en busca del preciado alimento, en el que se encuentran pequeñas larvas y gusanos, que son capturados gracias al especializado pico, fino y largo, que introducen una y otra vez en el limo. El zarapito real, el correlimos común, el chorlito gris, la aguja colinegra, el archibebe común... son sólo un ejemplo de las especies de este orden, que aquí se pueden observar.

Las gaviotas, charranes y aves marinas en general, que con fuertes temporales en el mar, recalan algunos días, en busca de alimento y descanso, y entre las que podemos observar la gaviota sombría, el charrán patinegro, el alca o el colimbro ártico, entre otros. Asimismo las aves depredadoras o rapaces tienen en las Marismas de Santoña sus representantes como son los milanos negros, el halcón común, o la lechuza campestre. Otras aves de menor tamaño, han elegido el carrizo o los cañizares de aguas someras, para instalar sus nidos en primavera. Tal es el caso del carricero común, el zampullin chico o el misterioso rascón.

Todo esto y aún más es posible contemplar en estas excepcionales Marismas, unas de las más importantes en el norte peninsular.